La Gara di Istituto è la prima prova EUSOit e viene allestita nei laboratori delle scuole iscritte a questa competizione. Il modello della prova è quello EUSO: gruppi di tre concorrenti cooperano a realizzare prove sperimentali nelle aree disciplinari di biologia, di chimica e di fisica. Gli esperimenti sono allestitati dai docenti mentori della scuola con protocolli sperimentali che sono gli stessi per tutti i concorrenti. Le istruzione per la realizzazione degli esperimenti sono inviati per tempo dal comitato organizzatore.
La Gara di Istituto si tiene a fine novembre.